Está situado en un llano próximo al monte Araca.
Se encuentra al noroeste de la ciudad de Vitoria y junto a la autovía A-622, aunque cuenta con malos accesos.
Antiguamente perteneció al municipio de Foronda.
Mendiguren comparte con Mendarózqueta las tierras del despoblado de Guernica.
[1] En el siglo XVIII los vecinos de estas aldeas cultivaban las heredades pertenecientes al mortuorio y entregaban los diezmos a la colegial vitoriana de Santa María.