Se cree que estuvo habitada por los cartagineses desde el siglo V a. C..
En 1515 fue brevemente ocupada por los portugueses, que fundaron un fuerte llamado São João da Mamora, pero fueron expulsados pocas semanas después de desembarcar.
[1] En 1795 el sultán Mulay Slimán cerró el puerto para impedir invasiones extranjeras a Kenitra, lo que supuso el abandono de Mehdía.
En 1911, en época del protectorado francés, los franceses al mando de Louis Hubert Lyautey ocuparon Mehdía, trasladándose en 1913 a Kenitra por lo expuesto de Mehdía a las corrientes y vientos costeros.
En 1942 los Aliados realizaron un desembarco aéreo naval de manera simultánea en Safí, Mohammedía y en Mehdía-Kenitra, conocido este último como batalla de Port Lyautey [2], durante la Operación Antorcha, en el que la principal defensa la constituían las baterías en la colina sobre la fortaleza.