Siguiendo el camino dejado de los tres anteriores títulos de Game Boy, en Mega Man IV solo existen 4 Robot Master disponibles al inicio del juego, los cuales pertenecen a Mega Man 4 y son los 4 no incluidos en Mega Man III.

Mega Man consigue derrotar a los cuatro primeros Robot Masters y se abre paso hasta la fortaleza de Wily, donde encuentra un nuevo Robot Master llamado Ballade.

Mega Man logra derrotarlo, pero Ballade se va de inmediato abriendo el camino hacia los cuatro últimos Robot Masters.

Sin embargo, tras vencerlos Mega Man se enfrenta de nuevo a Ballade, derrotándolo otra vez y obteniendo el Ballade Cracker, que usó para huir de la fortaleza mientras esta se desplomaba.

Pero en el último momento, aparece Ballade y se sacrifica salvando a Mega Man.