Este juego incluye varios de los elementos que introdujo Mega Man 3 a la saga clásica.
Rush asimismo viene incluido con sus adaptadores que le permiten transformarse en submarinos, trampolines y propulsores.
"¡Mientras tanto, Rush ha olfateado unos cuantos Robots de Wily vigilando un pasaje subterráneo.
¡Una vez allí deberemos encarar a Quint, el feroz enemigo que viene del futuro!
Si el Dr. Wily puede regresar al pasado antes de que empezará su primera rebelión, volvería al tiempo cuando Rockman era solo un robot doméstico, y lanzando un ataque sorpresa usando sus poderosas fuerzas robóticas, ¡Entonces no habría oportunidad de perder!"
"Mientras tanto, Dr. Right se ha dirigido al laboratorio del espacio-tiempo a investigar.
"Mucho antes el Dr. Wily logra finalmente manejar y modificar la máquina del tiempo.
Sin embargo, la máquina del tiempo puede ahora viajar hacia el futuro y regresar, mas no ir al pasado.
Dr. Wily cambia sus planes y decide inmediatamente espiar en el futuro de Rockman.