Durante una nueva (y última) estancia en Dresde de 1649 a 1655, se reunió con Johann Jakob Froberger durante una competición musical organizado por el príncipe elector.
Fundó un renombrado conjunto orquestal, el llamado Collegium Musicum en Hamburgo.
Weckmann compuso obras para órgano, variaciones corales, preludios y obras para clavecín, piezas en las que se mezclan las influencias italianas y francesas.
Además compuso diversas sonatas para tres o cuatro instrumentos, así como para orquesta y música vocal sagrada.
Estilísticamente, la mayoría siguieron la tendencia progresiva de Schütz, incluida la tendencia a aumentar cromatismos y motivos contrapuntísticos de mucha complejidad.