Matrix se ha asociado con otras desarrolladoras como Square Enix y Chunsoft para producir juegos de franquicias existentes, como Final Fantasy o Dragon Quest.

Matrix Software fue fundada en 1994 por Oohori Kousuke y tres amigos que habían estado involucrados en la industria de los videojuegos.

[1]​ Kosuke, un veterano del desarrollo de videojuegos desde el instituto, se alió con miembros de Climax Entertainment y Telnet Japan para crear una empresa que "traería a la gente contenido serio".

[2]​ Casi tres años después de la fundación, lanzaron su primer videojuego, Alundra para PlayStation en abril de 1997, que fue tan popular que recibió una secuela dos años después.

[4]​ Después de esto, la compañía se asoció con otras para crear juegos de otras franquicias, como YuYu Hakusho, One Piece, Final Fantasy.