Fue internacional en las categorías inferiores de su país natal, desde la sub-16 hasta la sub-19.
[3] Matej Jonjić es otro fruto de las divisiones inferiores del Hajduk Split.
Sin embargo, fue cedido a NK Zadar en junio de 2009 para realizar su debut profesional en dicha institución; disputó 13 partidos en el Zadar antes de regresar a Hajduk en enero de 2010.
Posteriormente apareció en 2 cotejos para Hajduk en la segunda parte de la temporada 2009–10.
[4] Después de participar en sólo siete juegos en el año siguiente, Jonjić fue prestado a Zadar en junio de 2011 por segunda vez.