Los días previos, al igual que La Paz, la ciudad ya había sido fuertemente militarizada.

Fue sustituido por su vicepresidente Carlos Mesa, quien formó un gabinete integrado por políticos no adscritos a partido alguno, con la intención de poner fin al conflicto y alcanzar la reconciliación nacional.

Además del expresidente, fueron acusadas diecisiete personas, entre ellas once ministros y cinco exjefes militares.

En 2011 tras un juicio en el que no se presentaron todos los acusados,[12]​ la Corte de Justicia halló culpables a los exministros Erick Reyes Villa y Adalberto Kuajara, quienes habían permanecido en el país y se habían sometido al juicio.

También se determinó condena para cinco exjefes militares: Roberto Claros, Juan Véliz, Osvaldo Quiroga, Luis Aranda y Gonzalo Rocabado, con penas de entre diez y quince años de reclusión.

[13]​[14]​ En 2014, dos de los militares acusados presentaron un alegato sobre el proceso y su desenlace a la ONU que fue desestimado.