Su primer título profesional a nivel individual en el circuito lo consiguió en 1990 en el torneo de Tokio Indoor.

Posteriormente derrotaría a Arantxa Sánchez Vicario 6-2, 6-2 en semifinales para alcanzar su tercera y última final individual del Grand Slam.

Fernández ganaría su segundo título del Grand Slam en dobles en 1996 en Roland Garros, haciendo pareja con Lindsay Davenport.

Ganó su segunda medalla de oro consecutiva en dobles femeninos, nuevamente haciendo pareja con Gigi Fernández.

También participó en la competición individual gracias a una ausencia y alcanzó las semifinales, donde fue derrotada en el partido por la medalla de bronce por la tenista checa Jana Novotná.

Más tarde ese mismo año, Fernández formaría parte del equipo estadounidense que ganaría la Copa Federación.