Mary Jo Nye se doctoró en Historia de la Ciencia en la Universidad de Wisconsin en 1970, asesorada por Erwin N. Hiebert, a quien Nye atribuye su apoyo igualitario a las mujeres estudiantes.

Ella y su marido, también miembro de la facultad, compartían la responsabilidad de cuidar a su hija y viajaban frecuentemente a Francia para investigar.

[5]​ En la Universidad se interesó por Linus Pauling, cuyos documentos se conservan allí y cuya carrera abarca gran parte del siglo XX.

[3]​ También trabajó sobre el químico físico y filósofo de origen húngaro Michael Polanyi.

[4]​[6]​ Mary Jo Nye vive en Oregón con su marido, el historiador de la sexualidad Robert A.