Una de ellas atribuye el nombre Marquelia a la deformación oral en la expresión "marca de Elia", que a su vez hacía referencia a una marca en particular del ganado de un terrateniente cuya hija se llamaba Elia.

La otra versión atribuye el nombre a la combinación de parabras indígenas cuyo significado es "mar que amarra", en referencia a una creencia popular.

En la década de 1930 se produce una masiva emigración a la pequeña población.

[4]​ Sus coordenadas geográficas extremas son 98°50′56.04″ O - 98°39′43.92″ O de longitud oeste y 16°29′42.72″ N - 16°45′8.64″ N de latitud norte.

[6]​ Limita al norte con los municipios de San Luis Acatlán y Azoyú, al este con los municipios de Azoyú, Juchitán y Cuajinicuilapa, al sur con el municipio de Cuajinicuilapa y el Océano Pacífico, al oeste con el Océano Pacífico y los municipios de Copala y San Luis Acatlán.

[7]​ Según la clasificación climática de Köppen, el clima corresponde al tipo Aw - Tropical seco.