[1] Fue director del SSV Jahn Regensburg, entre 2008 y 2012, Weinzierl consiguió promoción del SSV Jahn Regensburg a la Bundesliga.[7] El Augsburgo derrotó al Bayern por 1-0 para acabar su racha de 53 partidos invicto.[8] Esa era también la primera vez que el FC Augsburgo vencía al Bayern.Bundesliga 2014-15 en 5º puesto, clasificándose para la Liga Europa.[14] Su inicio al frente del equipo renano fue muy negativo, ya que perdió los cinco primeros partidos de la 1.Bundesliga 2016-17,[15] aunque luego mejoró sus números y terminó la primera vuelta del campeonato como 10º clasificado.En la Liga Europa, el Schalke 04 fue eliminado por el Ajax de Ámsterdam en cuartos de final; mientras que concluyó la Bundesliga en 10ª posición.