En 1988, Merk debutó en la Bundesliga como el árbitro más joven en la historia de dicha competición.

A pesar de su trayectoria, Merk fue criticado por sus participaciones en el partido Brasil vs.

Tras dicho partido, su participación acabó al no ser elegido por la FIFA para arbitrar durante la segunda ronda.

Bundesliga alemana, Merk arbitró el último partido de la jornada, un Hamburgo SV-Bayern Múnich, el Schalke 04 ganaba la Bundesliga con los mismos puntos que el Bayern pero con un gol más de diferencia.

En el partido Hamburgo-Bayern, el Hamburgo ganaba 1 a 0, Merk señaló una falta indirecta que Patrik Andersson marcó, tras sacar dicho libre indirecto Stefan Effenberg, empatando el partido y dando el título liguero al Bayern.

Merk amonestó a los jugadores Costinha, Angelos Basinas, Giourkas Seitaridis, Takis Fyssas y Dimitrios Papadopoulos.