Fyssas inició sus andaduras en las categorías inferiores del Panionios NFC, debutando por primera vez en 1991 en un partido de la copa griega.
En 1998, Fyssas firmó por el gigante ateniense Panathinaikos FC, y un año después debutó con la Selección de fútbol de Grecia.
En diciembre de 2003, Fyssas se mudó a Lisboa, fichando por el Benfica, haciendo una gran labor y colaborando para conseguir la Copa de Portugal.
En verano de 2005, Fyssas abandonó el club lisboeta y tomó la sorprendente decisión de irse a Escocia a jugar con el Hearts FC, aunque tenía ofertas de Inglaterra y Alemania.
En verano de 2008, Fyssas decidió retirarse del fútbol profesional.