Comenzó su carrera profesional en el Atlas de Guadalajara en 1998 donde disputó 195 encuentros marcando 11 goles.

Desde 2004 pasó por Toluca, Monterrey y Tigres UANL, todos de la Primera División de México, hasta que en 2007 se incorporó a Vélez Sársfield, de la Primera División de Argentina, donde llegó por expreso pedido del entrenador Ricardo La Volpe que lo había dirigido en Atlas y en la Selección Mexicana.

En Argentina, Méndez se afianzó en el equipo titular de Vélez durante el Torneo Clausura y la Copa Libertadores.

Sin embargo, una serie de actuaciones en bajo nivel terminaron excluyéndolo del equipo titular.

[1]​ poco después fue a Irapuato, luego para el Clausura 2013 jugará para el San Luis Fútbol Club.