Sus victorias más importantes fueron el Campeonato del Mundo de 2002 en Zolder y la Milán-San Remo del mismo año, un doblete impresionante para un corredor de ya 35 años.

Pese a todo, seguiría compitiendo hasta la temporada 2005, hasta que el 26 de abril de ese mismo año anuncia por sorpresa su retirada inmediata del ciclismo profesional, a falta de apenas diez días para el comienzo del Giro, en el que pensaba participar.

Cipollini fue todo un ídolo y también una figura controvertida, criticado a menudo por su falta de profesionalidad.

Destacan hechos como su breve paso por la Vuelta a España 2003, donde acudió solo para que su equipo fuera invitado, abandonando tras la primera etapa ante la estupefacción de la organización.

Mario Cipollini regresó al ciclismo profesional en 2008 con el equipo estadounidense Rock Racing.