En el año 2002 fue indiciado por delitos contra la salud por su presunta vinculación con grupos con el Cártel de Juárez, pero fue exonerado junto al general Francisco Quirós Hermosillo.

A inicios de los años 60, fue enviado a La Escuela de las Américas, en Fort Bragg, Carolina del Norte, institución auspiciada por el gobierno norteamericano que tenía como misión "capacitar a militares de América Latina para enfrentar a grupos subversivos o considerados "comunistas", y para ello recibió cursos que incluían tácticas de contrainsurgencia, guerra sicológica, inteligencia y "técnicas" para interrogar.

Además, participó en el rescate del gobernador Rubén Figueroa Figueroa que había sido secuestrado por estos grupos armados.

En 1990 escribió el libro Movimientos subversivos en México, en el que describe los grupos armados que combatieron al estado en los años setenta y el 1 de noviembre de 1977, por acuerdo del presidente José López Portillo, había sido ascendido a teniente coronel y el 20 de noviembre de 1983, fue ascendido a coronel.

Por tales motivos, le fue retirado su grado de general y purgó casi siete años de cárcel.

No obstante, en el año 2005, un tribunal federal anuló la sentencia del Consejo de Guerra en donde se le declaraba culpable argumentando fallas en el procedimiento y testigos no creíbles, ordenando se repusiera el juicio.

De acuerdo con los reportes policiales, Acosta Chaparro y su chofer se dirigían a su vehículo cuando un hombre armado que presuntamente quería robar su reloj le disparó.