Fue fundada el 10 de marzo de 1973 por el rey Tāufaʻāhau Tupou IV, quien también encargó la primera embarcación en esa fecha.

La primera embarcación fue VOEA Ngahau Koula (P101), seguida de VOEA Ngahau Siliva (P102): los nombres significan "Flecha dorada" y "Flecha de Plata" respectivamente.

Fueron tripulados por voluntarios, pero ya no están en servicio.

[1]​ Además, la Marina de Tonga opera el yate Tilitupe, utilizado por la familia real tongana.

[3]​ El ala de aviación naval tiene su base en el Aeropuerto Internacional Fua'amotu.