Andoyer estudió en el Lycée d'Harcourt, antes de asistir a la École Normale Supérieure, en donde se graduó en el año de 1884 con un título en ciencias matemáticas .
[2] [3] En 1886 se doctoró en el área de las ciencias matemáticas por la Universidad de París y posteriormente en el año de 1889 contrajo nupcias con Céleste Antoinette Marguerite Perissé, con quien tuvo tres hijos.
Uno de sus hijos murió en la Primera Guerra Mundial, su hija se casó con el matemático Pierre Humbert .
[2] Luego, en el año de 1892 comenzó a enseñar en la Sorbona, y finalmente fue designada profesora en el año de 1903.
Fue miembro del Bureau des Longitudes .