Hermanos de Margarita eran Federico II y Alberto III Aquiles, quienes gobernaron sucesivamente sobre Brandeburgo.
Se casó en 1423 con el Duque Alberto V de Mecklemburgo, pero él murió poco después del matrimonio, incluso antes de que pudieran empezar a vivir juntos.
Margarita recibió como dote Dömitz y Gorlosen de su padre.
En 1446, finalmente, Margarita se casó secretamente con su tutor, el Conde Martín de Waldenfels (m. 1471).
Esta relación fue incorporada a la tragedia Luis el Barbudo por Georg Köberle, publicada en 1844.