Realizó sus estudios de enseñanza primaria en la Escuela República del Perú, la enseñanza media en el Colegio Saint Clare, en Moravia y el Colegio Pius XI, en Wisconsin, Estados Unidos.
Fue la primera costarricense que aspiró a una candidatura para la Presidencia de la República por el Partido Liberación Nacional (1993) y su participación abrió nuevas posibilidades para la mujer en el campo político.
Fue nombrada representante costarricense ante el BCIE pero renunció por lo que no llegó a ejercer el cargo.
En las elecciones del 2018, doña Margarita Penón acompañó al candidato del Partido Acción Ciudadana (PAC) Carlos Alvarado Quesada, quién fue elegido Presidente de Costa Rica para el periodo 2018-2020, en segunda vuelta electoral.
Fue el mismo Presidente Alvarado quien la nombró como Garante Ética de su Gobierno, cargo al que renunció poco después.