[1]​ Durante su estadía en la Estación Espacial Internacional, realizó ocho experimentos científicos brasileños en ambiente de ingravidez.

Sus padre Vergílio era un mozo en una cafetería, mientras que su madre Zuleika era funcionaria de la Rede Ferroviária Federal.

Entre sus aficiones se cuentan el fútbol, la guitarra, tocar el piano y pintar acuarelas.

En 1998 obtiene una maestría en ingeniería de sistemas por el Naval Postgraduate School, en Monterrey, California.

[7]​ Inició su entrenamiento obligatorio en agosto del mismo año en el Centro Espacial Lyndon B. Johnson en Houston, Texas.

En diciembre del 2000, al concluir el curso, fue declarado oficialmente «astronauta de la NASA».

El 20 de abril, Pontes fue condecorado con la Orden Nacional del Mérito por el entonces presidente Luiz Inácio Lula da Silva.