Desde entonces ha jugado para los Oakland Athletics, Toronto Blue Jays, Boston Red Sox, Colorado Rockies y San Francisco Giants.

Al graduarse a su colegio Federico Quiroz cuando tenía alrededor de 16-17 años decidió dedicarse exclusivamente al béisbol, porque según él: “veía en esta disciplina más futuro, porque el fútbol en Venezuela no tenía mucha esperanza en ese momento y después de sacar 5º año me dediqué a trabajar fuerte para llegar al béisbol profesional”.

Su madre muere en el 1993 de cáncer cerebral, cuando Marco tenía tan solo 18 años, Marco confiesa que: “fue bastante duro para mi, porque prácticamente ya al final de su vida, esos últimos días, sabíamos que quizá no íbamos a poder hablar más con ella, ya que a lo mejor no llegaba al siguiente día.

Me metí al cuarto y fue como una clase de despedida que yo hice.

Le prometí que iba a trabajar duro para ser pelotero, porque ella siempre lo quiso así.

Nuevamente en el 2001, sufre una gran perdida cuando su padre también muere de un ataque cardíaco.

En su adolescencia consideró a su compatriota venezolano Omar Vizquel como su jugador favorito, y solía verlo en los entrenamientos de primavera.

En 1998 es traspasado al elquipo Pastora de Los Llanos junto con el lanzador zurdo Horacio Estrada a cambio del receptor Robert Machado.

En 2003 es objeto de un nuevo traspaso, esta vez a los Leones del Caracas en cambio por el también infielder Maicer Izturis.

Fue llamado a Grandes Ligas el 19 de julio por los Mets para reemplazar al lesionado Joe McEwing.

Fue el campocorto titular de los Azulejos de Toronto en 2009, y tuvo su mejor temporada hasta la fecha, alcanzando máximos de carrera en casi todas las categorías ofensivas: 12 jonrones, 60 carreras impulsadas, 35 dobles, 235 bases totales, 162 hits, 100 carreras , 14 bases robadas y 90 bases por bolas en 574 turnos al bate.

En 2013, Scutaro fue el segunda base titular, con Tony Abreu y Nick Noonan como principales suplentes.

[6]​ Se sometió a una cirugía el 27 de septiembre para insertar un alfiler en su dedo meñique izquierdo y corregir una lesión que sufrió el 11 de junio contra los Piratas cuando fue golpeado por Tony Watson.

Aunque asegura que "cuando tengo tiempo libre trato de pasarla con mi familia en San Felipe".

Le encanta la comida criolla y escucha todo tipo de música, aunque cuando esta en los Estados Unidos, le gusta mucho escuchar música venezolana, especialmente camino al estadio, ya que según el: "Me gusta poner mis llaneritas y acordarme de mi país natal, porque cuando estás mucho tiempo allá extrañas demasiado a Venezuela.