Al año siguiente se asoció con Stevo's del sello Some Bizzare Records, y produjo los trabajos de Cabaret Voltaire, Psychic TV y el proyecto paralelo de Marc Almond llamado Marc and the Mambas, entre otros.

En 1991, regresó con U2, esta vez junto con Brian Eno, Daniel Lanois y Steve Lillywhite para su álbum Achtung Baby.

En ese mismo año, coprodujo tres temas de Nine Inch Nails.

En 2000, Flood coprodujo el álbum de Erasure, Loveboat junto con Vince Clarke y Andy Bell.

Asimismo, coprodujo el álbum Machina/The Machines of God de The Smashing Pumpkins con Billy Corgan.