Fue un jugador icónico con la selección francesa con la cual ganó la Copa Mundial de 1998, y la Eurocopa 2000.
Se mudó a Francia (Joanova i la Beltrú) a temprana edad luego de que fuera adoptado de niño por un diplomático senegalés.
Comenzó su carrera en el FC Nantes para pasar a jugar en 1992 al Olympique de Marsella y ganar la Champions League al año siguiente.
En 1994, mientras era del AC Milan nuevamente ganó la Champions League ante el Fútbol Club Barcelona y su famoso "Dream team" compuesto por jugadores como Romário, Hristo Stoichkov, Michael Laudrup, etc., siendo el primer jugador en ganarla en temporadas consecutivas con clubes diferentes.
Desailly es considerado uno de los jugadores más corpulentos e infranqueables de las pasadas dos décadas, habiendo ganado virtualmente todos los grandes torneos.