Este éxito como empresario le sirvió para ganarse una reputación de hombre emprendedor, que lo llevaría finalmente a la actividad política.
Mientras el presidente Ratsiraka mantenía que se celebraría una segunda vuelta, Ravalomanana insistía en su victoria.
Durante los meses siguientes, la división del país, incluido el ejército, en dos bandos opuestos, provocó enfrentamientos violentos que parecían presagiar una guerra civil.
El 22 de junio, la Organización para la Unidad Africana reconocía a Ravalomanana como Presidente.
Tras varios meses de enfrentamiento, Ratsiraka se veía obligado a abandonar el país.
Entre 2003 y 2005, Ravalomanana ha dirigido el país con un estilo que algunos califican de "empresarial", estableciendo objetivos económicos y premiando a los funcionarios del gobierno según los éxitos alcanzados.