Marathon Petroleum tiene su origen en varias pequeñas empresas petroleras de Ohio que se unieron en 1887.

En 1889, la empresa fue adquirida por Standard Oil Trust y seis años más tarde su sede se trasladó a Findlay.

En 1906, la empresa construyó su primer oleoducto, que conectaba sus instalaciones en Martinsville, Illinois y Preble, Indiana.

En 2006, adoptó su lema actual, "Impulsando el espíritu americano", a medida que la empresa cambia su énfasis en la ética laboral y las contribuciones de sus empleados.

En 2006, Marathon comenzó a utilizar aditivos de la marca STP en su combustible.

Paul Park, Minnesota, junto con terminales, oleoductos e inventario asociados, así como 166 tiendas de conveniencia SuperAmerica a Northern Tier Energy por 900 millones de dólares.