Esta parte de la isla, originalmente llamada Cabo Kopondai, fue nombrada así por los portugueses debido a los árboles en flor Delonix regia que se encuentran allí.

El Mar de Flores debe su existencia a las dinámicas fuerzas tectónicas que han dado forma al archipiélago indonesio.

Comerciantes antiguos de China, India y Medio Oriente utilizaron estas aguas para llegar a las islas de las Especias (Maluku), que eran famosas por sus valiosas especias como clavo, nuez moscada y macis.

[8]​[9]​ Período colonial A principios del siglo XVI, los portugueses fueron de los primeros europeos en explorar y establecer una presencia en la región.

Buscaron controlar el lucrativo comercio de especias y establecieron fuertes y puestos comerciales en varias partes del archipiélago indonesio, incluidas áreas alrededor del mar de Flores.

[10]​ La Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales (VOC) desplazó gradualmente a los portugueses y estableció su dominio sobre el archipiélago indonesio en el siglo XVII.

La VOC controlaba puertos comerciales clave y ejercía influencia sobre los gobernantes locales para monopolizar el comercio de especias.

La importancia estratégica de la zona la convirtió en un objetivo para operaciones militares y batallas navales.

Sin embargo, persisten desafíos como la desigualdad económica, el desarrollo de infraestructuras y la conservación ambiental.

El Mar de Flores debe su existencia a las dinámicas fuerzas tectónicas que han modelado el archipiélago indonesio.

Históricamente, las pesquerías en la región se expandieron entre 1850 y 2000, con un auge en la explotación de nuevos caladeros entre 1950-1970, fenómeno denominado "la gran carrera por el pescado".