Se formó a medida que el nivel del mar aumentó al final de la última época glacial.

El área en torno al mar de Java es un destino turístico muy popular.

Se caracteriza por ser tropical, con temperaturas cálidas y alta humedad durante todo el año.

[6]​ Además, la zona se ve afectada por el fenómeno de El Niño, que puede causar sequías y otros eventos climáticos extremos.

Esto se debe a una combinación de factores, incluyendo el aumento del nivel del mar debido al cambio climático y también a la extracción excesiva de agua subterránea.

[8]​ [9]​ El clima del Mar de Java también se ve afectado por los monzones, que traen vientos y lluvias estacionales.

Durante el monzón del noreste (diciembre a marzo), los vientos soplan desde el continente asiático hacia el mar, trayendo aire seco y fresco.

Durante el monzón del suroeste (junio a septiembre), los vientos soplan desde el océano Índico hacia el continente, trayendo aire húmedo y cálido.

Las perspectivas son también favorables para los yacimientos petrolíferos en las aguas del sureste de Kalimantan.

Pulau Pramuka es la capital de las Mil Islas, aunque la más poblada es Panggang.

Toda la zona es un parque marítimo nacional aunque el desarrollo está permitido en 37 islas.

Algunas islas están deshabitadas, otras sin embargo tienen recursos turísticos y unas pocas son propiedad privada de yakartianos ricos.