Su existencia está fundamentada por la presencia rocas carbonáticas (calizas y margas), pizarras y fósiles marinos en la formación Esquías del grupo Valle de los Ángeles, encontradas en afloramientos en esos departamentos.
[1][2][3][4][5] Este mar hace parte de una serie cambios eustáticos del nivel del mar, a lo largo del período Cretácico, que haría que los estratos del bloque Chortis (conformado por Honduras, El Salvador, Nicaragua y el sur de Guatemala) en algunas edades estuviesen bajo el mar (excepto aquellas zonas donde debido a alguna elevación no quedaron sumergidos) y en otras se formase una tierra firme (compuesta por rocas clásticas que tienen principalmente un color rojizo por el óxido de hierro de su estructura mineral, por lo que son conocidas como capas rojas) surcada por ríos.
De hecho la formación que da nombre a este mar, la formación Esquías, se encuentra sobre las capas rojas inferiores del grupo Valle de los Ángeles (donde en 1971 se descubrió un fémur de un dinosaurio hadrosauroideo en Comayagua, véase dinosaurios de América Central); y a su vez subyace bajo las capas rojas superiores del mismo grupo.
[2][5][6][7] Los autores bautizaron el mar prehistórico en honor al municipio de Esquías en Honduras que se encuentra en el departamento de Comayagua, donde se encontraron diversos fósiles de lo que alguna fue vida marina, tales como caracoles, ostras, vegetación, y peces.
[9][10] Los paleontólogos han hipotetizado que dicho mar no era continuo y estaba formado por una serie de lagunas de gran tamaño conectadas entre sí poco profundas.