Al comienzo de la guerra de los ochenta años que las provincias del norte de los Países Bajos mantenían contra España, el Duque de Alba tomó como rehén a su hermano Felipe Guillermo, primogénito de Guillermo de Orange, y lo envió a España donde permanecería hasta 1610, cuando pudo volver una vez firmada la Tregua de los doce años.

Asimismo, reclamó la custodia de las posesiones de Felipe Guillermo durante su estancia en España, lo que provocó una disputa legal con Mauricio.

Los planes de su padre y de su hermano Mauricio incluían su matrimonio con el hijo del duque de Aerschot, para atraer a éste como aliado en su lucha contra los españoles, pero María rehusó y su pretendiente terminó aliándose con los españoles en 1584.

La pareja no tuvo hijos.

Murió en Buren en 1616; está enterrada en esta misma ciudad en la iglesia reformada neerlandesa de San Lamberto.