María y su suegra, la princesa Augusta de Gran Bretaña, fueron a visitarlo a su lecho, pero cuando el ejército francés se dirigió hacia Hamburgo, fueron avisadas por el embajador británico para huir, y partieron poco antes de su muerte.

[1]​ A su esposo se le concedió permiso por el emperador para permanecer en Altona.

Su hermano, el príncipe heredero Carlos de Baden, se casó con Estefanía de Beauharnais certificando una alianza con Napoleón, se unió con el emperador en Berlín al mismo tiempo.

María aceptó la sugerencia y viajó sola hacia Berlín, pero fue detenida en Stralsund por orden de su marido,[2]​ ya que se creía en ese tiempo que Napoleón tenía planes de casarla con su hermano, Jéronimo Bonaparte.

También encontró difícil llevarse bien con su estricto y temperamental cuñado.