Se convirtió en Directora del Consejo y Vicepresidenta de Acción Social en la universidad durante un plazo de cinco años de 1976 a 1981, y se convirtió en profesora emérita en 1992.

La mayor parte del trabajo de Bozzoli se ha centrado en la historia y la cultura de la población indígena Amerindia de Costa Rica, particularmente en relación con la marginación y los asuntos sociales.

El Museo de Culturas Indígenas Doctora María Eugenia Bozzoli, en Puerto Viejo de Sarapiquí, recibe su nombre en su honor.

Su trabajo principalmente se ha concentrado en dos áreas: investigar la historia cultural de la población indígena Amerindia, y buscar alternativas para el desarrollo nacional mediante el estudio de la diversidad del pasado de su país.

[4]​ En 1981, Bozzoli recibió una beca Fulbright y enseñó en la Universidad Estatal de Luisiana.