Mientras tanto María Ana vivía al lado de su madre, quién estuvo muy presente en el crecimiento de la princesa, la hizo aprender francés y español, y los llegó a hablar bien.

Tuvieron los siguientes hijos: En 1723 el padrastro de María Ana se convirtió en Gran Duque de Toscana, sucediendo a su hermano mayor, y su madre se convirtió en Gran Duquesa de Toscana, aunque nunca puso un pie en el reino de su marido.

Su padrastro murió en 1737, su marido en 1738 después de una corta enfermedad, y su madre en 1741.

Ella misma murió en 1751, a la edad de 58 años.

Si su único hijo que la sobrevivió, Clemente Francisco hubiera producido descendencia superviviente, es muy probable que hubieran heredado el electorado bávaro tras la extinción de la línea principal en 1777.