Mapa de Freycinet de 1811

François Péron (miembro de la expedición), junto con el naturalista Lesueur, se hizo cargo, junto con Louis de Freycinet, quien ya había estado trabajando en las listas, para emprender la cartografía.

Pero surgieron una serie de dificultades y demoras, y el proyecto tardó diez años en completarse, lo que generó cierta confusión en el orden de publicación.

Surgieron varias controversias con la publicación de los volúmenes y mapas.

Incluido en estos estaba la eliminación casi completa de cualquier referencia a Nicolas Baudin y, al parecer de Péron, la aplicación de nombres franceses a muchos accidentes geográficos y costas ya exploradas y nombradas por otros navegantes, particularmente el inglés Matthew Flinders.

El mapa de Freycinet se publicó en la segunda parte del Atlas Historique en 1811.