En Buenos Aires, conoció al chileno José Joaquín Prieto, con quien contrajo matrimonio el 25 de julio de 1812, pese a su familia y amigos que opinaban que su unión con un hombre de armas no le brindaría buenos momentos.
Manuela era considerada bella y fue admirada por su esposo.
Cuando nació su hijo Joaquín, el padre confesó que le «habría gustado tener otra niña» —aparte de su hija Victoria— «que heredara la belleza materna».
[3] Tuvo una vida llena de satisfacciones junto a Joaquín Prieto, quien la convirtió en primera dama entre 1831 y 1841.
[3] Manuela Warnes expresaba sobre la política: «Las mujeres estamos para alegrar las vidas de los esposos, no para entenderlas».