Fue primo de João Ramalho,[1]​ portugués que vivían entre los indios tupiniquines liderados por Tibiriçá.

[2]​ Su viaje a Brasil tuvo lugar en 1550, en la armada del noble portugués Simão da Gama de Andrade junto con los jesuitas Salvador Rodrigues, Francisco Pires y Afonso Brás y algunos huérfanos, en el segundo grupo de jesuitas.

Poco después de su llegada, sirvió como superior del Colegio de Bahia cuando el Padre Manuel da Nóbrega viajó a Pernambuco.

Junto con Diogo Jacome y Pedro da Costa, Paiva fue enviado a la capitanía del Espíritu Santo, donde llegaron en enero de 1564.

Durante tres años fue superior de los jesuitas en Espírito Santo, sustituyendo al padre Braz Lourenço.