Huérfano a temprana edad creció bajo la tutela del comerciante español Benigno Antonio de Ugarte.
Se casó en 1802 con Josefa Huerta Escalante, con quien tuvo tres hijos.
Para 1809, Villalongín ya era un rico hacendado miembro de la sociedad aristocrática de Valladolid, por lo que fue invitado por el capitán José María García Obeso a las reuniones que se realizaban en su casa con miras a establecer una junta autónoma gubernativa mientras España permaneciera ocupada por las fuerzas de Napoleón y el Rey cautivo.
Cuando Valladolid finalmente cayó en manos realistas, fue designado para defenderla en 1811 al teniente coronel Torcuato_Trujillo, famoso por participar en la Batalla de Bailén contra las fuerzas de Napoleón.
Con está acción, Trujillo esperaba hacer salir al rebelde de su escondite.