Como fiscal militar, fue un importante actor en la represión política que siguió a la guerra civil, una vez instaurada la dictadura franquista.

Fernández Martín añadiría a la carta la frase "Y está matriculado en este colegio de abogados".

Al ser en la mayoría de los casos la única persona con conocimientos jurídicos, su criterio tenía gran peso.

La ley calificaba de "rebelión militar" cualquier actividad en pro del "enemigo".

Fernández Martín exponía rápidamente sus acusaciones e invariablemente pedía la pena de muerte.

En 1963 Fernández Martín fue llamado por el régimen a representar una última vez su viejo papel: fue en el consejo de guerra contra el dirigente comunista Julián Grimau, juzgado y condenado a muerte por rebelión militar 25 años después del final de la guerra, en un proceso que provocó airadas reacciones internacionales.