Inicialmente se planteó ser profesor de lengua y literatura española, pero decidió presentarse a las oposiciones a cátedras de griego, que le llevaron a ser catedrático del Instituto Isabel la Católica de Madrid en 1943.

Su labor investigadora produjo más de trescientas publicaciones, entre ellas traducciones, ediciones críticas y comentarios de autores como Homero, Sófocles, Píndaro, Platón, Demóstenes, Epicuro y Heródoto y estudios del periodo neogriego (fue presidente del Comité Español de Estudios Bizantinos); además de incursiones en los papiros egipcios y en la literatura medieval (Dante) moderna (Shakespeare) o contemporánea (Joyce).

En 1947 el editor Afrodisio Aguado publicó su traducción del alemán de Carlos II, de Ludwig Pfandl, enriquecida con notas en las que se recogen muchas de las citas exactas a las que alude el autor, además de interesantes precisiones que enriquecen el valor historiográfico de la obra.

Con motivo de su jubilación, en 1984 se publicó en su honor una recopilación de artículos titutlada Apophoreta Philologica Emmanueli Fernández-Galiano a Sodalibus Oblata.

En 1987 fue elegido académico de la Real Academia Española, ocupando el sillón c,[3]​ pero falleció antes de poder ocupar su plaza.