Su hermana Gerónima Fernández Chacón fue la esposa del primer diplomático de Costa Rica, Mariano Montealegre Bustamante.
En 1833 fue elegido como Vicejefe de Estado y Presidente del Consejo Representativo para el período 1833-1837.
En marzo de 1835, debido a la renuncia del jefe de Estado José Rafael de Gallegos y Alvarado, recayó en él la titularidad de la Jefatura, que debía ejercer hasta la conclusión del período correspondiente en 1837, pero debido a que el poder legislativo decidió declarar nula la elección de Gallegos, se efectuaron nuevas elecciones y en ellas triunfó Braulio Carrillo Colina, a quien Fernández entregó el poder en mayo de 1835.
Durante su breve administración se emitieron varias leyes importantes, entre ellas la que sustituyó los diezmos por una contribución sobre la propiedad rural.
Su yerno José María Castro Madriz, y uno de sus hijos, Próspero Fernández Oreamuno, fueron Presidentes de la República.