El clima es definido como benigno durante el año, se encuentra mediado en los 20.5 °C, teniendo como máximo los 38.5° y la mínima con 2.6 °C, la precipitación pluvial es de 787 milímetros anuales.

El municipio cuenta con tres climas distintos, el sémicalido subhúmedo con lluvias en verano de menor humedad (Acw0) que cubre el 70.61% del territorio municipal, el templado subhúmedo con lluvias en verano de humedad media (C(w1)), con el 23.52% del territorio, y templado subhúmedo con lluvias en verano menor humedad (C(w0)) con el restante 5.87% de la extensión municipal.

Manuel Doblado es uno de los cuarenta y seis municipios libres pertenecientes al Estado de Guanajuato, cuya constitución política establece que:

Manuel Doblado cuenta con doscientas ochenta y cinco localidades.

Su cabecera municipal, Ciudad Manuel Doblado, es con mucho la más poblada y la única ciudad en la lista (zona urbana), siendo el resto pertenecientes al área rural.