Pizarro fue también diputado del Congreso por el Partido Popular, entre 2008 y el 29 de enero de 2010, fecha en que abandonó su escaño y la política activa.

[5]​ Su padre, Manuel Pizarro Indart fue procurador en Cortes por el Tercio familiar entre 1967 y 1971 por la provincia de Teruel,[6]​ y uno de los 19 procuradores que votaron "NO" a la designación del príncipe Juan Carlos I de España como sucesor a la jefatura del estado.

[7]​ Manuel Pizarro estudió Derecho en la Universidad Complutense de Madrid, licenciándose en 1973.

En 2006, la empresa eléctrica alemana EON ofreció pagar un 29% más que Gas Natural y todo parecía indicar que Endesa aceptaría esta oferta,[10]​ sin embargo en 2007 la empresa italiana ENEL terminó haciéndose con Endesa.

Durante este proceso, Pizarro manifestó sentirse acosado por el gobierno y espiado por el CNI.

Sin embargo, los medios conservadores señalarían años después que «sus previsiones sobre la crisis eran ciertas, aunque muchos no lo creyeran en ese momento».