Actualmente es director general de Deportes del Preußen Münster.
Metzelder hizo su debut profesional en el SC Preußen Münster en 2001, y dos años más tarde se trasladó a Borussia Dortmund para jugar junto a su hermano mayor Christoph.
En 2005, Metzelder dejó Dortmund y se unió al VfR Aalen de la Regionalliga Süd (entonces tercera división).
Dos años más tarde se quedó en la categoría, siendo decisivo en la promoción del FC Ingolstadt 04 a la 2.
El hermano mayor de Metzelder, Christoph, también es futbolista profesional, habiendo jugado en el Real Madrid, Shalke 04 y en el Borussia Dortmund entre otros equipos y también habiendo disputado dos mundiales con la selección alemana de fútbol.