El recién formado FC Ingolstadt comenzó a jugar en la Bayernliga y logró terminar segundo en su primera temporada.

Su éxito continuó en la siguiente temporada, cuando capturaron el título de la división y el ascenso.

Se dio una reestructuración del torneo en 2008 por tanto tendrían que clasificar alto, lo lograron y alcanzaron la 2.

El inicio de la temporada 2016-17 no fue el mejor, en 10 partidos solo lograría 2 empates y 8 derrotas, por lo que Markus Kauczinski dejaría el puesto como entrenador.

En 2021 el Ingolstadt regresó a la segunda categoría del fútbol alemán, aunque solo permaneció en ella durante la temporada 2021-22, ya que finalizó ese año futbolístico en la última posición con 21 puntos logrados en 34 partidos jugados.

[3]​Tras los buenos resultados mostrados durante su gestión provisional, en junio de 2024 la directiva del Ingolstadt la ratificó como la entrenadora oficial para la temporada 2024-25.