Magnus Pehrsson comenzó su carrera profesional en el IF Brommapojkarna en 1991.

Se marcha durante dos años para jugar en el Bradford City inglés primero y luego en el IFK Göteborg.

Con este equipo conquista el título de Liga en dos ocasiones.

Se retira en este club en 2003 debido a las numerosas lesiones que sufrió en sus últimos años en activo.

En la temporada 2020-21, lograría el ascenso a la Segunda División RFEF.