Por ello se destinaron un par de naves a conservar cañones, pólvora y otros pertrechos militares.

En 1502, en los preparativos de Colón para su cuarto viaje a las Indias, este solicitó municiones del arsenal que tenían las Atarazanas.

[6]​ El siglo XVIII haría más importantes las piezas de artillería en las guerras, tanto las tiradas por caballos como las que pudieran llevar las personas.

[8]​ Otra pieza destacable fue una gran balanza de hierro del siglo XVIII realizada por herrero Sebastián Conde.

Ese año deja su función fabril para pasar a ser Centro de Reclutamiento, Archivos y Oficinas.

Así mismo, se eliminaron la tabiquería, los falsos techos y los cerramientos nuevos para dejar al descubierto las antiguas naves, destinándolas luego a visitas culturales.