Ese mismo año comenzó a competir en la IV Liga, la quinta categoría futbolística de Polonia.
Ese año logró alcanzar el tercer puesto en la tabla, tan solo por detrás del TOR Dobrzeń Wielki y el Skalnik Gracze.
[4] Durante los siguientes tres años siguió compitiendo en la quinta división, hasta ascender a la III Liga en la temporada 2007/08 en el cuarto puesto.
Al año siguiente alcanzó la II Liga, liderando la tabla con 67 puntos y superando al Pogoń Szczecin, quién era favorito para ascender a la categoría de plata.
[5] Sin embargo, tras tres años en la categoría de bronce, el MKS Kluczbork ascendió de nuevo a la segunda división tras ponerse en primera posición tras el decisivo empate ante el Zagłębie Sosnowiec, que le permitió liderar el grupo occidental.