[2]​ En 1993 regresó a Colombia, cuando el presidente César Gaviria, lo nombró director de la Corporación para el Desarrollo del Chocó (Codechocó).

Después trabajó con Antanas Mockus, durante su alcaldía, en la que estuvo a cargo de la planeación y presupuesto del Departamento Administrativo del Medio Ambiente de Bogotá (DAMA) entre 1995 y 1997, así mismo fue su director encargado.

[6]​ Por esa época, cuando vivió en Estados Unidos, prestó sus servicios como revisor del Banco Mundial y consultor externo de la Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID).

[5]​ El 1 de noviembre de 2012, Murillo tuvo que abandonar la Gobernación y el presidente Juan Manuel Santos nombró como reemplazo temporal a Óscar Gamboa Zúñiga, director del Programa Presidencial para la Población Afrocolombiana.

[8]​ En las elecciones presidenciales la fórmula Fajardo-Murillo alcanzó la cuarta posición con el 4,2% de los votos.

[9]​ Tras el paso del candidato Gustavo Petro a la segunda vuelta presidencial, Murillo le ofreció su respaldo y participó activamente en la campaña que llevó al triunfo de Petro sobre el candidato Rodolfo Hernández.