Se licenció en economía y realizó investigación en sociología durante la década de 1960.

Tras diplomarse, Zoja regresó a Zúrich para trabajar en una clínica durante varios años.

También practicó durante dos años en Nueva York, durante un periodo asociado a los ataques terroristas contra Nueva York y Washington D. C. Ha sido profesor regular en el Instituto Jung de Zúrich, y también en ocasiones en las universidades de Palermo e Insubria.

Sus ensayos y libros han aparecido en 14 idiomas.

El psicólogo arquetipal James Hillman ha denominado a Zoja como "psicólogo antropológico" indicando el alcance y la profundidad de su pensamiento.